Betancuria wurde 1405 vom Eroberer Jean de Bèthancurt gegründet. Man sagt, dass er 200 Bauern und Arbeiter aus der Normandie angeworben habe, um Fuerteventura zu bebauen und zu besiedeln. Sie sollten Häuser errichten und landwirtschaftliche Felder anlegen und sie bewirtschaften.

Im Jahre 1593 wurde Betancuria von nordafrikanischen Piraten und Plünderer überfallen. Der Ort wurde niedergebrannt und geplündert. Doch die Menschen ließen sich nicht abschrecken und bauten ihre Häuser wieder auf. Die heutige Bausubstanz resultiert noch aus dieser Zeit. Auch die Pfarrkirche Santa Maria blieb von den Flammen nicht verschont und wurde ebenfalls zerstört. Ihr Wiederaufbau zur Wehrkirche zog sich rund 100 Jahre hin. Aus dieser ungewöhnlichen langen Bauphase resultieren heute die unterschiedlichen Stilrichtungen.

Bereits aus der Ferne kann man den weißen Glockenturm der Iglesia Nuestra Señora de la Concepciòn erblicken. Bis zum Jahre 1835 war Betancuria die Hauptstadt der Insel und steht heute unter Denkmalschutz.